Kościół w Komańczy został konsekrowany i uroczyście poświęcony w dniu 30 X 1927 roku pod wezwaniem św. Józefa (odpust 19 marca w dzień Św. Józefa Oblubieńca NMP). Niedługo dekretem z dnia 4 XI 1927 r. ordynariusz przemyski biskup Anatol Nowak erygował nową parafię obrządku rzymskokatolickiego z siedzibą i kościołem w Komańczy, przydzielając do niej z dotychczasowej parafii w Bukowsku 12 wsi w powiecie sanockim (Komańcza, Czystohorb, Dołżyca, Duszatyn, Jawornik, Mików, Osławica, Prełuki, Rzepedź, Radoszyce, Szczawne, Turzańsk) i 9 wsi w powiecie leskim (Balnica, Łupków, Maniów, Wola Michowa, Szczerbanówka, Smolnik, Solinka, Roztoki Górne, Zubeńsko). Parafia była rozległa, a do najdalej zamieszkałych wiernych w Roztokach Górnych było ok. 35 km. Po kilku latach pobudowano plebanię. Pierwszym proboszczem mianowanym dla nowej parafii był ks. Ignacy Jarek przysłany z Brzostka. Była to parafia bardzo biedna, licząca 664 wiernych (stan na 1938 r.), głównie w Komańczy (154), Łupkowie (116), i Rzepedzi (52). Przynależała do Dekanatu Sanockiego w Diecezji Przemyskiej.
Po wybuchu wojny w 1939 roku tutejszy proboszcz (od 1934) ks. Rudolf Niemczycki, zmobilizowany i powołany na kapelana WP, poszedł z wojskiem na Wschód i już nie wrócił z kampanii wrześniowej.
Od dnia 01.02.1940 r. nowym administratorem, a od 1942 r. proboszczem, został kapelan klasztoru Sióstr Nazaretanek ks. Stanisław Porębski, przybyły jeszcze w 1938 roku dla podratowania zdrowia. W Komańczy swą posługę kapłańską pełnił aż do dnia śmierci 13 IX 1978 roku. W okresie okupacji od 1 czerwca 1940 r. aż do 1 sierpnia 1944 r. plebanię zajęto na posterunek Ukrainische Hilfspolizei. Parafia utraciła też dzwon z wieży kościelnej, wywieziony po zarekwirowaniu przez władze niemieckie. Ks. Stanisław Porębski mieszkał w klasztorze, prowadząc tam działalność konspiracyjną, ukrywania osób poszukiwanych i prześladowanych przez okupanta oraz angażując się w przerzuty graniczne na Węgry uciekinierów z Polski.
Podczas sowieckiego ataku lotniczego na niemieckie pozycje obronne i stację kolejową PKP, w dniu 22 IX 1944 r. spłonął pobliski kościół i plebania. Rolę kościoła parafialnego aż do 1957 roku (także w okresie internowania 1955-56 w klasztorze Prymasa Polski kard. Stefana Wyszyńskiego), pełniła półpubliczna kaplica klasztorna pw. Św. Teresy od Dzieciątka Jezus. Tu odbywały się nabożeństwa, chrzty, śluby i inne uroczystości kościelne.
W latach 1948-50 staraniem ks. Stanisława Porębskiego i 14 rodzin rzymskokatolickich, obok zgliszczy spalonego kościoła, postawiono zasadniczą bryłę budynku obecnego kościoła. Piękne witraże w oknach to dzieło uznanego artysty plastyka Łukasza Karwowskiego z Krakowa. W ołtarzu centralnie umieszczono duży obraz przedstawiający Patrona świątyni Św. Józefa w ujmującej pozie ojcowskiego piastowania Dzieciątka Jezus, kiedy to w przerwie na odpoczynek od pracy w warsztacie rzemieślniczym, tuli i obejmuje ręką Dziecię siedzące na stole stolarskim. W drugiej ręce trzyma atrybut, cięty kwiat lilii. Postać Patrona, ale jako figurka Św. Józefa, umieszczona jest również nad wejściem do świątyni w okienku frontonu. Ciekawość wzbudza też współcześnie wykonana i przedstawiona rzeźbami w drewnie grupa Pasji, usytuowana w górze ołtarza. Po obu stronach ołtarza wiszą bardzo znaczące dla polskich wiernych dwa obrazy, jeden z wizerunkiem Matki Boskiej Królowej Polski z Dzieciątkiem i drugi z postacią Jezusa Miłosiernego.
Kościół został poświęcony 7 VII 1957 roku, również pod wezwaniem Św. Józefa.
Od 1970 r. do pomocy podupadłemu na zdrowiu księdzu proboszczowi prałatowi Stanisławowi Porębskiemu kuria biskupia przydzieliła stałego wikarego. Posadę tą utrzymywano aż do wydzielenia z parafii Komańcza w 1984 roku nowej parafii Rzepedź. Wikariuszami parafii w Komańczy byli kolejno księża: Józef Sokołowski, Kazimierz Lewczak, Józef Chmura, Mieczysław Pudełkiewicz, Bolesław Burek, Henryk Borcz, Kazimierz Rojek. Jedną z ostatnich inicjatyw księdza Stanisława Porębskiego w latach 70-tych, było postawienie budynku plebanii, przy którym prace budowlane i wyposażanie trwały do końca 1978 roku. Nie doczekawszy momentu ukończenia budowy, ksiądz prałat zmarł 13 września 1978 roku w domu klasztornym, miejscu dotychczasowego zamieszkania. Pierwszym kapłanem, który wprowadził się wiosną 1979 r. do wykończonej plebanii był już nowy proboszcz ks. Bolesław Burek.
W przeciągu następnych kilkunastu lat z inicjatywy kolejnych proboszczów ks. Henryka Lorenca, ks. Czesława Deca, ks. Mariana Szumigraja, ks. Jacka Czerkasa i parafian przeprowadzono remont i kilka zmian w budynku świątyni i obejściu. Między innymi do bryły kościoła dobudowano słupową, dwukondygnacyjną wieżę kościelną z kruchtą (1993 r.)
(E. Orłowski)